| Le nom de Pouilly est la déclinaison du nom latin de Pauliacum ou plutôt de Publiacum, habitation de Paulus ou de Publius, deux noms très communs chez les Romains, qui a dû servir à désigner plusieurs de leurs maisons. |
Saint-Genis à l’ère Gallo-Romaine
Au Ier siècle avant J.C, le Pays de Gex est déjà une zone frontière. Trois peuples gaulois se côtoient : les Allobroges, les Séquanes et les Helvètes. Ces derniers sont repoussés du Pays de Gex en 58 av J.C par Jules César qui décide d’implanter une colonie militaire non loin (à Nyon) pour se protéger des invasions. Saint-Genis fait partie de cette colonie, une riche famille est installée à Pouilly, elle est la propriétaire du fameux trésor de Saint-Genis.
Les nombreux noms en « Y » dans le Pays de Gex sont des dérivés du romain « iacum ».
Saint-Genis au Moyen-Âge
En 534, le Pays de Gex est intégré dans le Royaume des Francs de Clovis. On a retrouvé à Saint-Genis une tombe franque, témoignage de cette époque.
Le Xème siècle marque le début de l’essor des communautés religieuses qui s’enrichissent des donations des seigneurs du Royaume et installent de nombreux prieurés dans la Région, comme ce sera le cas à Pouilly. Ces prieurés permettent aux moines d’administrer leurs domaines agricoles et de produire leurs denrées. Ce sont les moines qui assainissent de nombreux marécages (omniprésents dans le Pays de Gex) pour y établir des cultures. C’est également grâce à la présence de ces communautés qu’est construite au XIIIème siècle l’actuelle église de Pouilly, plus vieux bâtiment du Pays de Gex.
Toujours très frontalier, le Pays de Gex change à plusieurs reprises de propriétaire : il est intégré au comté de Genève en 1032, puis cédé à la Savoie en 1355.
Il est alors administré par les Barons de Gex qui construisent une dizaine de châteaux dans le territoire. Les châteaux sont administrés par des vassaux, comme la famille Rossillon qui a la charge du château de Pouilly. À Saint-Genis, une maison-forte est établie en 1270 par cette famille qui détient l’autorité judiciaire sur les habitants du village.
Saint-Genis et la Renaissance
En 1536, les Bernois, alliés avec Genève contre le Duc de Savoie, envahissent le Pays de Gex qu’ils occupent jusqu’en 1564 avant de le restituer à la Savoie. Ils essayent alors d’imposer la réforme protestante aux habitants et convertissent l’église de Pouilly en temple. Elle sera rendue au culte catholique en 1612. C’est lors de ces interminables guerres entre Genevois et Savoyards que seront détruits les châteaux du Pays de Gex, dont celui de Pouilly. C’est Henri IV qui règle le conflit en 1602 en récupérant le Pays de Gex pour l’annexer à la France.
La Révolution et l’Empire dans le Pays de Gex
Au XVIIIème siècle, le Pays de Gex est plus grand qu’il ne l’est aujourd’hui, il compte en plus des communes que l’on connait aujourd’hui celles de Meyrin, Vernier et du Grand Saconnex notamment.
La proximité de villes comme Ferney avec Genève en font une aubaine pour les contrebandiers, fuyards mais aussi les opposants politiques comme Voltaire qui s’y établit en 1754.
Suite à la Révolution, le Pays de Gex est rattaché au département de l’Ain puis à celui du Léman, quand Genève devient française.
La chute de l’Empire napoléonien entraine l’indépendance de Genève qui emporte avec elle six communes du Pays de Gex, suite au Traité de Paris de 1815.
Les Saint-Genésiens, très ruraux, ne sont que très peu intéressés par ces épisodes historiques.
XIXe siècle
Au début du XIXème siècle, Saint-Genis connait un certain développement, une fruitière est construite en 1810. En 1817, les marais allant de Pouilly à Pregnin sont complètement drainés. C’est un grand soulagement pour de nombreux habitants qui souffraient de fièvres fréquentes et de maladies liées à l’humidité.
Cette période voit également l’installation de fontaines publiques dans Saint-Genis, dont celle de la fameuse place, construite en 1823.
En 1858, le maire de l’époque, François Michaud, commande la construction d’une mairie-école, rue de Genève. A son ouverture en 1865, la mairie de Saint-Genis comprend deux salles de classe (une pour les filles et une pour les garçons), une pompe à incendie, une salle de Mairie et même une petite prison ! A l’étage se trouvent les appartements de fonction des instituteurs.
1874 marque l’entrée de Saint-Genis dans l’ère industrielle avec l’installation d’une diamanterie au bord du Lion.
La diamanterie Donnet connait un certain essor pendant plus de 50 ans, elle est de loin la première industrie du village. Mais elle est emportée par la crise de 1929, comme de nombreuses usines.
 la diamanterie Donnet, par fmonge |  Saint genis et l'ancienne place de la fontaine, par fmonge |
Saint-Genis à l’époque moderne
Libérée en août 1944, Saint-Genis n’est encore qu’un petit village du Pays de Gex qui peine à atteindre les 600 habitants.
C’est justement la fin de la Seconde Guerre Mondiale qui va permettre le développement de la commune. La volonté de paix qui donne lieu à la création du CERN amène de plus en plus de scientifiques et de travailleurs. Les premiers immeubles sont construits dans les années 1950 pour accueillir ces nouveaux venus.
Rapidement, le village devient ville et la population est multipliée par 10 en cinquante ans.
La croissance démographique est également accentuée par l’attrait économique suisse.